副本是玩家提升实力、获取资源的核心玩法之一。游戏内副本种类繁多，涵盖主线剧情、支线任务、高难度挑战等多种类型，每个副本都有独特的机制和奖励。主线副本贯穿游戏剧情，是玩家推进故事的主要途径，同时解锁新功能和区域。支线副本则隐藏在特定关卡中，需要玩家探索紫色房间或完成特定条件触发，这类副本往往能解锁特殊玩法或奖励装备。高难度副本如万魔罪体魔罪狂等，对玩家的操作和装备搭配有较高要求，但掉落稀有装备和材料的概率也更高。
虚空裂缝深层是刻印掉落的主要副本区域，玩家可以根据刻印掉落表选择需要的属性刷取。刻印作为装备强化的重要材料，不同副本对应不同属性的刻印，合理分配体力是关键。高难度副本如无尽劫境和修罗塔则考验玩家的持久战能力，前者需要灵活切换职业应对多波敌人，后者则对闪避和技能释放时机有严格要求。这类副本通常需要多次尝试才能掌握通关技巧，建议提前研究敌人攻击模式并优化技能链。
活动副本是游戏中的限时挑战，例如愚者之境和帮会突袭，通常与节日或版本主题联动，提供限定奖励。这类副本的机制往往与常规副本不同，需要玩家适应新规则或配合团队协作。部分活动副本还会引入全服挑战机制，玩家贡献积分可解锁额外奖励。需活动副本的开放时间有限，建议优先参与以避免错过稀有资源。
除了常规副本，游戏还设计了特殊玩法如里武林和昼夜空间，前者按周期开放特定装备掉落副本，后者则提供大量强化材料。这些副本的挑战次数通常受体力或钥匙限制，因此规划刷取顺序很重要。影之刃3的副本系统兼顾深度与多样性，玩家可根据自身目标选择优先级，逐步攻克更高难度的挑战。
