副本分为普通、精英和挑战三种难度，每种难度都有独特的玩法和奖励机制。普通副本是新手入门的首选，难度较低，主要用于获取经验、金币和基础装备，同时能熟悉主线剧情。精英副本难度更高，奖励也更丰厚，适合有一定战力的玩家挑战，通关后能解锁支线剧情和稀有资源。挑战副本则是最高难度，需要精心搭配阵容和策略，适合追求极限的老玩家。
前期推荐使用主角+鸣人+佐助+小樱的组合，主角作为核心抗伤，佐助负责范围输出，鸣人分身吸引火力，小樱提供治疗和解控。后期建议转为消耗型阵容，比如主角+凯+卡卡西+纲手，凯的打断技能能有效克制敌方奥义，纲手提供持续治疗。注意根据敌人属性调整阵容，比如火系敌人用水系忍者克制，同时激活忍者羁绊提升整体战力。
查克拉和忍具要合理分配，避免浪费。战斗中优先打断敌方关键技能，比如BOSS的蓄力大招。普通副本可自动战斗，但精英和挑战副本建议手动操作，观察敌人站位和技能冷却时间。生存类副本可先用替身术骗掉敌方技能，再切换高爆发忍者收割。
优先升级忍者和装备，强化神器与雕文系统能显著增加属性。参与组织活动获取额外资源，每日完成日常任务积累材料。限时活动副本必打，能掉落稀有忍者和高级装备。低战力玩家可尝试利用副本机制或BUG通关，但需注意官方修复动态。
多研究副本机制，比如毒风秘境需优先击杀右侧忍偶解除结界。保持忍者多样性，避免资源集中导致阵容单一。副本三星评价需兼顾通关时间和血量，可重复挑战优化操作。
